Il periodo migliore per viaggiare in Guinea Bissau è tra novembre e marzo, durante la stagione secca. Febbraio e’ il mese ideale, che coincide anche con il Carnevale di Bubaque e Bissau. La stagione delle piogge va invece da giugno ad ottobre.
In generale il clima della Guinea Bissau è tropicale. La stagione piovosa è meno calda ma con livelli di umidità molto più alti rispetto a quella secca. Le precipitazioni sono molto abbondanti, in particolare nel mese di agosto, ed investono soprattutto la costa. In inverno il tempo è stabile ma da nord-est può soffiare l’harmattan, vento che può portare la polvere del deserto che ostruisce la visibilità. La temperatura non varia molto nel corso dell’anno, con una media di 26°C. Tra agosto e febbraio è possibile osservare le tartarughe marine nidificanti nell’arcipelago di Bijagos, anche se da marzo le isole possono risultare ventose.